El sistema de gobierno del Departamento de Ciencias Administrativas y Económicas está inscrito en el sistema de gestión propio de la Universidad. Las funciones y atribuciones están establecidas en el Decreto Universitario N° 4261 de Rectoría “Reglamento de Departamentos Académicos de la Universidad de Los Lagos”. A continuación se detalla su estructura:

1. Director(a) de Departamento: Es elegido democráticamente entre el cuerpo académico. El cargo de Director(a) de Departamento tiene una duración de 2 años, actualmente la Directora del Departamento de Ciencias Administrativas y Económicas es la Sra. Virginia Montaña.
2. El Secretario(a) Académico(a) del Departamento: El Director(a) del Departamento es quien designa a un Secretario Académico para que lo asista en su gestión. Actualmente, cumple esta función el Sr. Iván Triviño.
3. Consejo de Departamento: Está compuesto por cinco académicos, de los cuales, tres son elegidos entre sus pares. Este organismo colegiado se encuentra conformado por el Director del Departamento, quien lo preside, el Secretario(a) Académico(a) y los académicos.
4. Directores de Carreras: Corresponde a los Directores de las Carreras de Contador Público y Auditor, y de Ingeniería Comercial, de las cuales el Departamento de Ciencias Administrativas y Económicas tiene la tuición disciplinaria. Los Directores de Carrera actualmente son el Sr. Richard Villanueva y la Srta. Carola Ulloa Obando, Respectivamente.
5. Académicos: Corresponde a todos los académicos adscritos al Departamento de Ciencias Administrativas y Económicas, los que a su vez pertenecen a las distintas áreas disciplinares del Departamento.